2009年，我市海洋与渔业工作的指导思想是：认真贯彻党的十七大和十七届三中全会精神，以科学发展观为指导，积极履行海洋综合管理和渔业工作职能，进一步提升海洋与渔业工作的能力和水平，为新一轮沿海开发和社会主义新农村建设作出更大贡献。主要抓好以下五个方面的工作：
（一）以贯彻落实十七届三中全会精神为重点，实现现代渔业建设新突破。一是优化区域布局，培育特色渔业产业区。根据渔业资源、渔业产业发展状况，加快培育滩涂贝类养殖、海水池塘养殖、沿江特种水产品养殖、内陆稻田养殖、里下河地区河沟养殖和紫菜养殖加工等特色渔业产业区。二是发挥优势，培育渔业主导产业群。做大、做强主导产业，着力培育海洋捕捞、滩涂贝类等2个30亿元以上的产业，紫菜、鳗鱼和河蟹等3个20亿元以上的产业，河豚、梭子蟹和脊尾白虾、休闲和观赏渔业等5-8个10亿元以上的产业。三是贸工一体，拉长渔业经济产业链。做大、做强龙头企业，重点培育1-2个产值达5-10亿元国家级农业产业化龙头企业，1-2个产值超亿元的省级龙头企业。加强水产品市场建设，着力建设3-5个连接产销、促进渔业增效、渔民增收的现代化水产品市场。
（二）以学习和实践科学发展观为重点，实现海洋综合管理新突破。认真搞好各类专项规划，在完善市、县海洋功能区划的基础上，尽快编制全市重点海域使用、海岸线开发保护等各类专项规划，为细化管理、科学用海打好基础。强化海域审批服务，依据有关法律法规，制定实施海域使用申请、公示、论证、报批，海域使用权招标、拍卖、价值评估等配套制度办法，严格审批程序，同时加强涉海项目建设的监督检查和跟踪服务。牢固树立海洋管理为经济发展服务的意识，紧紧围绕全市沿海开发重点工作，积极争取国家局和省局的支持，切实做好新一轮沿海开发建设相关服务工作。
（三）以关注民生为重点，实现海洋渔业安全监管新突破。一是着力抓好渔业生产安全。全面落实渔业船舶的公司化监管，提高海洋渔业生产的组织化程度；全面落实渔业船舶的实时监控和定时联系制度，完善公司、县（市）和市三级监控指挥中心建设，提高渔业船舶海上遇险的自救、互救和救援指挥能力；加快渔船身份识别系统建设步伐，完善部门联合协调机制，提高渔船进出港签证率。二是着力抓好水产品质量安全。通过实施水产品无公害行动计划、渔业投入品专项整治、渔业标准化建设和产品质量的监测和抽查等有效措施，进一步提高全市水产品质量与安全的整体水平。三是着力抓好海洋与渔业生态安全。完善《南通市海洋环境保护实施计划》，制订“南通市实施《江苏省海洋环境保护条例》办法”，组织开展海洋环境海陆联合综合整治行动，形成齐抓共管海洋环境的良好机制。
（四）以提升能力完善手段为重点，实现服务水平新突破。围绕海域使用动态监管体系、海洋生态环境监测预警体系、水产品质量安全体系、海洋渔业安全防控体系、科技创新体系、执法保障体系建设，整合和组织实施10-15个能显著提升产业发展质量、行业管理与服务水平的现代渔业和海洋特色项目。加强项目的规范管理，提高项目建设质量，努力做到“建一个、成一个”；重视项目绩效考核，实行项目实施“问效制”和“问责制”，提高项目建设的成效。
（五）以效能建设为重点，实现机关作风和党风廉政建设新突破。加强机关行风建设，进一步深化机关处室建设，努力在转变机关职能，提高行政效能、密切党群干群关系、加强机关干部队伍建设上下功夫，为全市海洋与渔业又好又快发展提供强大动力。加强党风廉政建设，结合本行业实际，切实加强行业管理，深入推进海洋与渔业党风廉政建设和反腐败工作，不断把党风廉政建设和反腐败工作提高到一个新水平，为全市海洋与渔业经济跨越发展、科学发展、和谐发展提供坚强保障。